在油脂分離里，分子蒸餾設備可以分離出有效物質如甘油和單甘酯，甘油可以用作食品加工中的甜味劑和保濕劑，而單甘脂則是重要的食品乳化劑。不僅如此，分子蒸餾設備還能隔絕游離脂肪酸，避免其對油脂的色澤風味產生影響。

  以魚油為例，魚油中富含EPA和DHA，具有生理活性，具有抗炎、提高免疫力的作用，是很有潛力的天然藥物和功能食品。合生元利用分子蒸餾技術從深海金槍魚油中提取出DHA ，不僅提高了純度，保護了活性，還有效去除了魚腥味。另外乳酸的分離、辣椒的紅色素提取等都可以利用分子蒸餾設備進行制作。